Шелдону смертельно необходим доступ к новому мощному компьютеру, который администрирует Барри Крипке. Но так как оба учёных далеки от понятия "друзья", Шелдону приходиться сочинить алгоритм, который поможет ему восполнить пробел в отношениях между ними.
Пенни приходиться брать в долг у Шелдона, который не требует быстрого возвращения денег. Поэтому Пенни начинает транжирить их и даже сама даёт в долг своему бывшему. Но тот не торопиться возвращать, И теперь ноша по выбиванию долга ложится на плечи Леонарда.
Беверли Хофстедтер приехала повидать своего сына Леонарда. Однако только Шелдон неизмеримо рад такой встрече. Оказывается, эти двое вели тайную переписку, и теперь Шелдон знает о жизни женщины больше, чем кто бы то ни был вообще.
Пейнтбольная баталия друзей почти закончилась лютым разгромом. Но пока остальные ребята продолжали держать оборону и нести потери, Говард и Лесли Уинкл уединились в смотровой будке и... В общем с этого момента Лесли и Говард — пара.
Сев в поезд, который довезёт друзей на научную конференцию в Сан-Франциско, Шелдон замечает, что забыл взять самую важную вещь. И пока Пенни будет её искать, Лео, Говард и Радж познакомятся с одной симпатичной актрисой и даже поспорят, кому она в итоге достанется.
Пенни так надоела работа в кафе, что она придумала отличный бизнес-план. Вот только как всегда её идея разбивается о размышления Шелдона, который, к слову, не просто хаит её детище, а берётся возглавить процесс и оптимизировать его чуть ли не до конвейерного производства.
Пенни начинает терять друзей. Дело в том, что в квартиру сверху заселилась новенькая и вполне хорошенькая соседка, которая явно успешнее Пенни на актёрском поприще. А ещё она полностью перетянула внимание Леонарда. И только Шелдон может помочь девушке избавиться от конкурентки.
Пока Пенни крутит роман с неудачником Стюартом, в Леонарде просыпается небывалая ревность. Которую он хочет погасить с помощью женщин, а поэтому буквально требует от Раджа и Говарда отвезти его в недорогой паб.
Леонард, Говард и Радж отправляются в Лас-Вегас, где их ждёт незабываемая ночь вдали от Шелдона. Сам Шелдон тем временем планирует провести свой идеальный вечер. Вот только похоже, что ему придётся разделить его с болтушкой Пенни.
В то время как Леонард сам того не желая становится сводником Пенни и Стюарта, Говард озадачен проблемой космического масштаба. Оказалось, что его изобретение, которым пользуются космонавты, имеет один серьёзный просчёт и может превратить отхожую капсулу в выгребную яму.
Как бы Леонарду не хотелось остаться в Пасадене, чтобы наладить отношения с Пенни, ему и остальным парням приходиться улететь на Северный Полюс, помогая Шелдону в исследовании теории струн.
Премьера второго сезона состоялась 22 сентября 2008 года и уже включала 23 серии вместо 17. Сюжет сериала продолжил развивать характеры и взаимоотношения персонажей.
Череда ссор и примирений сильно сблизили Леонарда и Пенни, подняв их отношения на новый уровень. Девушка также более лояльно стала относиться к чудачествам Шелдона, постепенно привыкая к ним и теперь считая их больше фишками, нежели багами, рождающимися в сознании вундеркинда. Говарда она всё ещё недолюбливает из-за его нарочитых попыток казаться ловеласом, когда на деле он — просто-напросто озабоченный неудачник. А вот Раджу впервые удаётся заговорить с женщиной без влияния алкоголя. Этот момент зарождает в парне уверенность и позволяет ему усомниться в природе его избирательного мутизма.
В сериале также появляются 4 второстепенных персонажа. Лесли Уинкл, циничная коллега парней по Калтеху, с которой у Леонарда завязываются короткие отношения. Беверли Хофстедтер, мама Леонарда и крайне холодная к сыну женщина. Бари Крипке, ещё один коллега ребят и очень неприятный тип. И Стюарт, владелец магазина комиксов.
